花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

花椒树从出苗到初花需3年；第3年-第8年为初果期；结果盛期为15-25年。年产量的高低和管理技术密切相关。管理技术，第1-3年，以促进树体发育为主，加快树冠扩大。整形修剪，合理配备各级结果枝组，构成合理的树体结构。第3-8年内完成各级骨干枝的配备，多培育侧枝和结果枝组。进入结果盛期后，通过水肥管理和修剪技术，防止结果“大小年”和树体早衰的现象发生。
发生病虫害时，对症用防治。目前市场上流通的除草剂没有花椒专用。在花椒未发芽展叶前可以使用林用惠尔，发芽展叶后使用精稳杀得或精禾草克，也可以用毒土法撒施林用惠尔。
深翻熟化土壤：深翻土壤，扩大树窝，才能达到熟化土壤的目的。花菽是一咱浅根性树种，侧根发达，根系旺盛生长，大需要有通气良好和富含有机质的土壤条件。具体作法是：花椒树冠下面浅挖，树冠外面深翻，以免伤根。行间一般深挖33—66厘米。在深翻坑土时，结合施以有机肥料作基肥，增加土壤有机质。若是粘重土，深翻时应掺沙，以改良土壤结构。